Berthold Huber wurde am 9. Oktober 1963 in Heidelberg geboren.

Seine berufliche Laufbahn startete der Diplom-Politologe 1990 als Unternehmensberater bei Ernst & Young. Nach seinem Einstieg bei der Deutschen Bahn im Jahr 1997 hatte Berthold Huber verschiedene Führungspositionen inne, unter anderem als Vorsitzender der Regionalleitung der DB Regio Bayern und als Vorstand Personal der DB Netz AG. Von November 2010 bis Juli 2015 war er Vorsitzender des Vorstands der DB Fernverkehr AG. Im August 2015 wurde Berthold Huber Vorstand für Verkehr und Transport der Deutschen Bahn AG. Seit März 2017 war er als Vorstand Personenverkehr tätig, bevor er im Juli 2022 zum Infrastrukturvorstand der Deutschen Bahn AG berufen wurde.

Berthold Huber ist verheiratet und hat vier Kinder.